W kwalifikacjach najmniejszej klasy pole position zdobył jej tegoroczny mistrz – Brad Binder. Drugi był Jorge Navarro, a z trzeciego pola startował Francesco Bagnaia.
Pierwsze ofiary w wyścigu Moto3 pojawiły się tuż po starcie. W zakręcie numer 2 z toru wypadli Andrea Migno i Juanfran Guevara. Później z otru wypadł jeszcze Ayumu Sasaki. W zakręcie numer 6 efekt domina spowodował Jorge Martin, za którym polecieli Nicolo Bulega, Tatsuki Suzuki, Aron Canet i Philipp Oettl. W zakręcie numer 7 z toru wypadli Adam Norrodin, Brad Binder, Joan Mir, Lorenzo Dalla Porta i Fabio Di Giannantonio. Na tym wszystkim skorzystał Francesco Bagnaia, który nagle pozostał sam na polu walki o pierwsze miejsce i mógł rozpocząć ucieczkę.
W połowie wyścigu zawodnik miał przewagę ponad 4 sekund nad grupką pościgową. Do mety dojechał z zapasem ponad 7 sekund nad Jakubem Kornfeilem, który wygrał walkę o drugie miejsce. Najniższy stopień podium wywalczył Bo Bendsneyder.
Wyścig Moto3 – pierwsza piątka:
1. Francesco Bagnaia
2. Jakub Kornfeil
3. Bo Bendsneyder
4. Fabio Quartararo
5. Andrea Locatelli
Wygrywając wyścig Moto3 w Malezji Francesco Bagnaia przejął trzecie miejsce i ma teraz 145 punktów. Jorge Navarro spadł na czwartą pozycję, ale traci tylko 2 punkty. Enea Bastianini pozostaje na drugim miejscu z dorobkiem 164 punktów.